提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
上海:社区卫生服务机构扩容增能全力救治新冠病毒感染者******
中新网上海1月9日电 (记者 陈静)当下,上海正充分发挥社区卫生服务中心分级诊疗作用,缓解二、三级医院新冠病毒感染者救治压力。各社区卫生服务机构努力满足新冠病毒感染者在家门口接受氧疗、输液、用药、雾化等医疗服务需求;社区病房开足马力,“家庭病床”留住患者。
记者9日获悉,目前,全上海335个社区卫生服务中心、分中心已实现吸氧服务全覆盖;上海超六成社区卫生服务中心、分中心总计设置713个雾化治疗位。同时,“抗病毒药物”优先下沉社区,在市区专家组指导下,对符合指征的感染者,社区卫生服务机构及时指导其使用抗病毒药物,实现尽早干预。据统计,上海的社区卫生服务机构已累计开具抗病毒药物治疗1.5万人次。
黄浦区打浦桥街道社区卫生服务中心方面介绍,该中心调整了慢病中心,将精准测压和智慧血糖前移;并在一楼辟出了一个大房间为需要的民众开展氧疗。记者看到,氧疗、输液区均有护理人员来往巡视;该中心还配备了指氧仪,随时监测患者氧饱和度情况。该中心增设20个氧疗输液位;同时,扩容二楼输液区,新增10个氧疗输液位。
采访中,记者了解到,上海的社区卫生服务中心病房不仅加强救治社区的新冠病毒感染者,还为上级医院转诊的平稳期感染者开展康复与护理。上海市卫健委方面介绍,自2023年元旦以来,上海的社区病房累计收治新冠感染者已近3000人。
在普陀区万里街道社区卫生服务中心,在区域西部医联体框架下迅速组建“利群-万里联合病房”,开放90张床位,按照“应收尽收、能收尽收”原则,上下联动,全力打通住院患者绿色通道。利群医院每天召开线上救治调度会,专题研讨,统一协调,打通急诊与各科室分流患者的绿色通道。医院成立组成转运专班:及时将病情稳定的患者下转,同时保证重症患者顺畅转运和分流。医院方面介绍,该院安排呼吸科负责人作为联合病房指导专家,派驻具有定点医院丰富救治经验的医生至万里社区卫生服务中心病区全面负责医疗工作,每日围绕重点病人开展专家组线上视频查房。
据悉,上海发布《社区新冠感染者居家治疗家庭病床工作指南》,为病情稳定、符合指征的患者建立家庭病床,提供居家健康监测、用药指导、氧疗服务、协助转诊等服务。自12月以来,全上海社区卫生服务中心已累计建立超过2.3万张家庭病床,有效缓解住院压力。据介绍,长期以来,上海对行动不便的居民,在病情稳定并经评估达到标准情况下,建立“家庭病床”,社区医务人员定期上门提供医疗健康服务。
在虹口区,记者了解到,虹口区8家社区卫生服务中心均提供家庭病床服务,到8日为止,该区累计开设918张家庭病床。广中路街道社区卫生服务中心将36组家庭医生的联系方式下发给所有居委会。据介绍,该中心对新冠病毒感染人群进行了分级分类管理,对重点人群中的孤寡独居老人,家庭医生们除了以往的常规上门访视,还建立了微信联系,并进行远程访视。
为提升社区新冠救治能力,上海向社区优先倾斜发热诊疗药物、抗病毒药物、指氧仪、氧气罐等的配置;同时,各社区卫生服务机构不断拓展装备,提升配置。目前上海已有27家社区卫生服务中心配置CT。在嘉定区外冈镇社区卫生服务中心,记者了解到,该中心配备了40排80层螺旋CT,设备搭载远程会诊系统。民众在家门口就能获到上级医院的专业诊断结果,做到早发现、早诊断、早治疗。该中心方面介绍,目前CT的接诊量一天在大约80到100人次。
上海市卫健委方面表示,预计到兔年春节前,配置CT的社区卫生服务中心将增加到45家,嘉定区、闵行区或将实现区域内社区卫生服务中心CT设备全覆盖。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)