提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
(新春走基层)新生代“宁波帮”的新春愿景:“通关”更要通民心******
中新网宁波1月25日电(记者 项菁)“新的一年,希望有更多香港青年到内地走走看看,特别是到我的家乡宁波创新创业,寻找更广阔的天地。”作为新生代“宁波帮”,香港同胞忻伟高近日受访时说,他非常看好内地发展,并期待“通关”之后,民心更相通。
1月8日,香港与内地实施首阶段“通关”。得益于“通关”的便捷高效,今年春节,忻伟高和家人也从内地回到香港过年。对于长期致力推进甬(宁波简称)港交流交往的忻伟高而言,“通关”是莫大的惊喜。
宁波与香港血缘相亲、文缘相近、商缘相融,涌现了王宽诚、包玉刚、邵逸夫等一大批“宁波帮”人士。多年来,一代代“宁波帮”走南闯北发展实业之时,亦为甬港交流合作作出贡献。
“父亲到香港发展实业后,又时常回到宁波,用实际行动回报家乡。比如我的祖籍地云龙镇冠英村有一个永正公园,那是我爸妈30年前捐赠建设的。”忻伟高坦言,父母对宁波的感情很深,为传承父辈精神,忻伟高也希望通过自己努力推进“甬港双城记”。
2005年忻伟高加入香港甬港联谊会,参与两地交流活动。2015年起,他担任世界中华宁波总商会会董、副秘书长,希望凝聚世界上的宁波籍商人,推动宁波现代化发展。也就是这一年起,他每年4月率领香港高中生团队赴宁波交流,走访宁波帮博物馆、河姆渡遗址、王阳明故居等地。
“其实,香港学生对内地不够了解。经过实地探访,他们对内地有了新认识,对宁波印象也有所改观,这就是交流的意义。”忻伟高称,“受疫情影响,这个交流活动暂停了3年,我们已经在商讨今年4月重启事宜。”
在此过程中,忻伟高也越发感觉到,促进两地交流,“牵线搭桥”非常重要。
这与“宁波帮”精神不谋而合。在忻伟高看来,“宁波帮”是一群“走出去”又“走回来”的宁波儿女,他们都有一颗“帮宁波”的心。不过他也谈到,如今“帮宁波”,已经不单单是捐钱捐物,“帮”的含义很广,包括推介宁波、促进宁波与外界联谊联络等各领域。
担任宁波市政协委员也是忻伟高参与宁波建设的一种方式。六年的履职,使忻伟高与宁波发展“同频共振”,他还数次提出“鼓励香港人到宁波发展”的建议。
“宁波是一座很有人情味的城市,是一片创新创业的热土。虽然我没有在宁波出生,但对故土的情感不断增强。”在忻伟高看来,宁波与香港最主要的交集点就是“人”,他希望各方积极搭桥,“增进两地人员往来,促进心灵相通”。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)